La città di Tharros fu fondata dai Fenici intorno all'800 a.C. su un vecchio insediamento nuragico della seconda metà del II millennio a.C. e si presentava principalmente come una città con scopi principalmente commerciali.
Nel 238 a.C. passa sotto il dominio romano, ma fu poi abbandonata verso l'VIII o il IX sec. a seguito delle scorrerie dei Saraceni.
Fu nuovamente insediata nel 1052 fino al suo definitivo abbandono nel 1070 quando la sede del giudicato e dell'Arcivescovado venne portata ad Oristano.
Gli scavi archeologici iniziarono già nel XVII sec. principalmente per cercare le numerose ricchezze funerarie e fu proprio per questo motivo che nella metà del secolo scorso si scatenò una vera e propria corsa all'oro che disperse i numerosi reperti antichi presenti nella zona.
Gli scavi del centro urbano iniziarono nel 1956 ad opera della Soprintendenza alle antichità di Cagliari.